医药中间体吉林省高等学校工程研究中心是以“吉林师范大学精细化工工程研究中心”和应用化学研究所为基础于2007年2月建成的。2008年，“医药中间体吉林省高等学校工程研究中心”被吉林省发改委确认为吉林省省级工程研究中心。同年，在教育厅组织的首批吉林省高等学校工程研究中心建设项目遴选工作中，经学校申报、省评专家组实地考察与评议论证，省教育厅确定我校“医药中间体吉林省高等学校工程研究中心”为首批吉林省高等学校工程研究中心建设项目立项单位。2011年4月通过了吉林省教育厅专家组验收。
工程中心的研究方向是：含呋喃环医药中间体的合成与工艺研究、含氮杂环医药中间体的合成研究和农药的清洁生产研究。
工程中心现有人员40人，包括6位教授、1位研究员、9位副教授、9位高级工程师，其中有2位博士生导师，18位博士。现有科研用房1650余平方米，中试生产线2条，仪器设备总价值1417.6万元。
近年来，工程中心人员共承担国家级科研项目2项，省部级科研项目16项。其中有4项科研成果已进行转化。研究成果获得吉林省科学技术进步奖等各类奖项14项，申报发明专利8项，获专利授权3项，128篇论文被SCI、EI收录。
